人类活动是造成生态系统失衡的最主要因素。农业活动就是人类破坏自然生态系统，创造自己的人为生态系统的范例，人类开垦荒地，将原有生态系统破坏，原有的物种无法继续生存，人类种植自己需要的庄稼，随之而来的是害虫和捕食害虫的动物，以及为避免被人类锄草而生长的和庄稼形状非常相似的杂草，这些物种形成一个新的生态系统，人为生态系统如果离开人的活动就无法继续存在下去，如果人将农田抛荒，很快就会重新产生新的生态系统，即杂草遍地，也许会沙漠化，但不会自动恢复到原有的生态系统。
有时人类活动造成物种的长距离迁移，也可能会对生态系统造成人类没有预料到的破坏，老鼠和苍蝇随着人类散布到全世界，人类只是随着兴趣带到澳大利亚的32对兔子，给澳洲的生态系统几乎造成毁灭性的灾难。目前外来物种紫茎泽兰、大米草、和水葫芦已经开始对中国大陆的生态系统造成威胁，同时随着商品进入的美国白蛾等新型害虫也开始适应新的环境。
人类活动造成的环境污染也会从物质和能量方面破坏生态系统的平衡，有時会造成永久性的破坏。
人类目前已经认识到生态系统平衡被破坏的后果，正在力图帮助恢复其平衡，但这需要付出资金和能量，恢复比破坏要困难的多，而不会有经济上的回报，所以一般经济实体不会自动的去做这种事，需要政府和志愿者的投入，也需要言论和教育的促进。
生態系統可透過生態球進行模擬。